La montagne est intimement liée aux mythes du déluge : en Mésopotamie, par exemple, dans l'épopée de Gilgamesh, c'est sur la montagne de Nisir que s'échoue le bateau de Uta-Napishtim, c'est sur la montagne d'Ararat que s'échoue l'arche de Noé , au sommet d'une montagne que s'échoue l'embarcation de Manu, sauvé du déluge par le premier avatar de Vishnou, ou encore au sommet du Parnasse que s'échouera Deucalion .
A défaut d'embarcation, c'est en grimpant sur la montagne que les hommes échappent au déluge, et l'humanité à une destruction définitive. Pour les indiens Canaris des Andes, ce sont deux frères qui en grimpant au sommet de l'Huacaynan purent survivre au déluge : la montagne grandissait au fur et à mesure de la montée des eaux. Pour les indiens Chimus, c'est en se cachant dans les grottes de la montagne, qu'une poignée de survivants purent assurer la descendance de l'humanité.
Ce mythe de la montagne refuge est aussi présent dans la mythologie grecque. Le déluge de Deucalion eut deux autres survivants dont Mégarée, un fils de Zeus, qui se réfugia sur le Mont Germanéia et Cérambos qui, transformé en scarabée, s'envola jusqu'au sommet du Parnasse .
Montagne bienfaitrice, mais aussi pour certaines civilisations montagne nourricière : c’est ainsi par exemple que pour les Aztèques c’est dans les profondeurs du Mont Tonacatepetl que les fourmis rouges gardaient caché le précieux maïs, jusqu’à ce que Quetzalcoatl, métamorphosé en fourmi noire, ne parvint à en subtiliser quelques graines et à les rapporter aux autres dieux .
